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药品工程管理系统（Pharmaceutical Engineering Management System，PEMS）是指用信息化的手段对药品生产过程中各个环节进行全面的管理和监督，以确保药品生产的质量、安全和效率。PEMS包括了药品生产计划管理、原材料采购管理、清洁装备管理、工艺文件管理、生产过程监控管理、质量控制管理等各种管理工作。通过PEMS可以实现对整个药品生产过程的全面监管和追溯，从而确保药品的质量和安全。
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